Der blev også i 1400 tallet indbygget hvælvinger. Før var taget formentligt et fladt træloft. Det ses tydeligt på kalkmalerierne at de er blevet malet før hvælvingerne kom. Da de fortsætter på væggen bag de piller som hvælvingerne hviler på. Altertavlen er omkring 1625 den har en korsfæstelses gruppe som er flankeret af Adam og Eva, og desuden fire dyds figurer. Det menes at koret oprindeligt har haft apsis. Både i korets nord og sydmur findes der et oprindeligt vindue der stadig bliver benyttet, det har lidt smigede sider. Indvendig er målet 145 cm og udvendigt er de kun 111 cm høje, mens bredden er stort set den samme, i nordsiden er den 60 cm og i sydsiden er den 50 cm. I lysningen er de nok en del udvidet. Der står midt i hver af skibets lang mure et vindue der er nu er tilmuret med munkesten der er mindre end de andre. Det nordre er 78 cm højt og 42 cm bredt. Inde i kirken er den gamle norddør blevet bevaret som en stor afdækket blænding. Begge skibets gavle er blevet bevaret. Omkring 1400 tallet er kirken blevet overhvælvet med almindelige gotiske krydshvælv, et fag i det gamle kor, to i skibet. På Triumfbuen under skjold buens spids, og over korbuen, ser man et lille vandret svagt fremspringende tov snoet af brændt ler. Den er sikkert sat ind på samme tid som over hvælvingen, da den ikke ses fra loftet. Formodentlig blev side murene på samme tid forhøjet med et par skifter tegl, og samtidig blev de gamle kampestens gavle gjort noget stejlere. Skibets østgavl har en enkelt og nyere top tinde. En svær støttepille ved skibets nordøst hjørne, opført af kamp og munkesten, menes at være fra middelalderen. Efter over hvælvingen af den oprindelige kirke er koret blevet forlænget med et fag mod øst, og den gamle østgavl er blevet revet ned. Materialet foroven er overvejende munkesten. Forneden er det kamp fra det gamle øst parti. Gavlen er glat med spinkle kamtakker. I middelalderen fik kirken flere forskellige tilbygninger, som mest var af munkesten. Gavlen har et savskifte og over den syv spinkle kamtakker og lige så mange højblændinger. De yderste er enkelte og fladbuede, de øvrige er dobbelte, med tagformet eller fladbuet afslutning. Det midterste par er helsten, de andre er brede halvsten. Rummet dækkes af et nyere bjælkeloft. Det gamle våbenhus foran den gamle kvindedør bruges i dag til ligkapel. Den spidsbuede indgangsdør er i nyere tid udvidet. Herover er der en glat gavl med top tinde. Mod vest er der et lille nyere firkantet vindue. Det indre har pudsede vægge og bjælkeloft. Tårnet som er lavt, bredt og kort, har en del kamp forneden i murene. Underrummet, har et nyt vindue i vest, det er forbundet med skibet ved en spidsbue med kragbånd, der har hulkant på undersiden. Det er dækket af en krydshvælving med skjoldbuer til alle sider, og med falsede hjørne piller der har omløbende kragbånd, ligeledes med en hulkant på undersiden. Under den nordre skjoldbue er der en lavere, fladbuet spare blænding med lignende kragbånd. I nord er der en oprindelig fritsiddende fladbuet dør, som fører ind til det helt mørke mellem stok værk. I klokke loftet mod vest findes der et bredt fladbuet glamhul med fals. Mod syd og nord er et tvedelt, spidsbuet og med top rude indfattet fladt rundbuet blænding. Østsiden er ikke fri af skibets tag, derfor har den intet glamhul. Gavlene har både kamtakker og fladbuede højblændinger. På nordsiden af tårnet er der i nyere tid opført et lille trappehus. Tårnet, skibet og hele koret har et sent middelalderligt tagværk af eg. Nord kapellet og våbenhusets tagværk er delvist også af gammel eg. I dag er kirken teglhængt. Kam takkerne munketegl, skibets østgavl og ligkapellet har kamme uden afdækning, og hvidtet med undtagelse af våbenhusets og tårnets sydside, som står med blank mur. Nordsiden af skibet dækkes af tæt vedbend. Alterbordet der står op af østvæggen, er muret i vekslende skifter af tegl og kamp. Det øverste skifte af kamp er delvist karnisformet tilhugget. Oversiden er til dels tilmuret med tegl og er pudset. Alter graven er ødelagt og tilmuret med stumper af tegl. Altertavlen er fra omkring 1625, senrenæssance. Stor Stykket der er flankeret af »Hermer« med små figurer af Adam og Eva der er indføjet, har en korsfæstelses gruppe. Under korsets arme er der to svævende engle med kalke. Stor vingerne har frugtklaser, dyrehoveder og kvindefigurer endende i Volutter: På de vandrette led akantus friser med genier. På top gesimsen og stor gesimsen er der stående figurer af Tro, Håb, Kærlighed og klogskab. Den brogede staffering og et skriftsted i top feltet er fra 1745. Den ottesidet fod er sammensat af firpas og kvadrat, med en lille støbt krucifiks figur på oversiden. Skaftet er sekskantet, knop med gotiske stavværks blade og seks rude toppe. Mellem toppene er der fastloddet små fire bladede blomster. Kummen er lille og spids. Foden er muligvis ikke helt fra samme tid som kummen, men skaft og knop hører sammen. Disk med et cirkelkors. På låget af oblat æsken er der graveret kronet C 7, og under bunden: »Heininge kirke 1767« Tinflasken er 17 cm høj, med skrueprop, to hanke og en bærerem af læder. På siden af den er der graveret »Heininge Kirche Flaske da Sognepræst her Hans Kiep og degen Christopher Madsen 1740« Alterstagerne er 44 cm høje og stammer fra 1673, de har barokt profilerede skafter der hviler på tre kugler. På den ene er der graveret »Oluf Lavridzsøn Past: L. Anno 1673« På den anden er der graveret : »Dorotheæ Hansdaatter Melker Anno 1673« De to små bordstager er 22 cm høje, de har profileret skaft og en firkantet fod på tre kugler. På dem begge er der graveret »PNS EHRD 1732« I inventariet 1768 omtales et ildkar, et rødt plydses alterklæde, der er ind kantet med sølv galloner, og derpå er der broderet det kongelige våben og krone, samt årstallet 1742. Døbefonten er romansk og er bygget af granit. Kummen er opstillet på en muret fod. Fadet er et Nürnberger arbejde fra 1550. Prædikestolen er fra 1691, men blev renoveret i 1745. Det lille sengotiske krucifiks er fra 1450-1500 tallet. Korstræet har en rund glorie skive der ender i runde medaljoner med fire kants blade. Dør fløjen er sent middelalderlig, den er dannet af fire lodrette egeplanker, der er samlet ved seks jernskinner, med indhuggede streg ornamenter og endende i dobbelt volutter. Kirke klokken er støbt af Peter Lytzen i 1708.